История Алинды насчитывает несколько тысячелетий. Первое поселение было основано еще хеттами за 12 веков до нашей эры. Для хеттов Алинда была городом, расположенным недалеко от моря (в те времена озеро Бафа, находящееся в 25 километрах от поселения, было морским заливом), а потому значимым торговым центром.
Историки не располагают источниками, подробно рассказывающими о жизни Алинды во раннюю античность. По всей видимости, город продолжал существовать на перекрестке торговых путей. С VII века Алинда начинает расти и становится одним из крупнейших городов Карии. Пришедшие во второй половине VI века персы подчиняют себе Алинду и превращают все Карийское государство в сатрапию державы Ахеменидов. Ожесточенное сопротивление греков ослабило позиции персов в регионе к 450 году до нашей эры, однако контроль над Алиндой они сохранили.
В 385 году в Карии начинает править сатрап Гекатомн, который добивается значительной автономии от Персии и становится основателем династии Гекатомнидов. В ходе многочисленных семейных конфликтов во второй половине IV века, в которых участвовали сын Гекатомна Мавсол (правитель Галикарнасса, вошедший в историю благодаря возведению грандиозной гробницы) и Ада, которая в итоге стала правительницей в Алинде. Вот что пишет об этом Страбон:
У карийского царя Гекатомна было 3 сына — Мавсол, Гидрией и Пиксодар — и 2 дочери; на старшей из них, Артемисии, женился старший из братьев — Мавсол, второй брат — Гидрией женился на младшей сестре — Аде. Мавсол же стал царем; когда он скончался бездетным, то оставил царство жене, которая и воздвигла ему упомянутую гробницу. После того как Артемисия умерла от чахотки с горя по мужу, царем стал Гидрией. По смерти последнего ему наследовала жена Ада, однако она была изгнана Пиксодаром, последним из детей Гекатомна. Склонившись на сторону персов, он призвал сатрапа, чтобы разделить с ним власть. Наконец, после кончины Пиксодара Галикарнасом завладел сатрап. Когда к городу подступил Александр, сатрап выдержал осаду. Он был женат на Аде, дочери Пиксодара и Афнеиды, каппадокийской женщины. Однако Ада, дочь Гекатомна, которую Пиксодар изгнал, стала умолять Александра и сумела убедить его вернуть ей отнятое царство. Ада обещала за это царю свое содействие против отпавших городов, так как правители их, по ее словам, были ее родственниками. Она передала Александру также Алинды, где она тогда сама пребывала. Александр принял предложение и объявил ее царицей.
Попутно хитроумная Ада Гекатомнида еще и договорилась с Александром о том, что он будет зваться ее приемным сыном. Так в 334 году она смогла стать правительницей Карии, а молодой завоеватель смог быстро расширить свои владения и отправиться далее на восток. Древнеримский историк Арриаон кратко и трогательно описывает эту сцену:
Когда Александр вторгся в Карию, она вышла ему навстречу, сдала ему Алинды и сказала, что он для нее как сын. Александр вернул ей Алинды, не пренебрег именем сына, а когда взял Галикарнасс и завладел остальной Карией, то вручил ей правление всей страной... Сам он пошел на Ликию и Памфилию, чтобы, завладев побережьем, сделать бесполезным для врага его флот.
Тогда же город был переименован в Александрию-на-Латмосе (по имени близлежащего горного хребта), однако спустя два с небольшим века прежнее название снова вошло в обиход и стало официальным.
В эллинские времена Алинда процветала. Несмотря на то, что за контроль над Карией боролись сразу три крупных государства (империя Селевкидов, Пергам и Египет; дольше всех контролировали Алинду именно Селевкиды), в городе шло активное строительство, а во все регионе был отмечен культурный и экономический рост. Среди прочих построек стоит отметить храм Аполлона (византийские историки отмечали, что он был украшены статуями работы великого Праксителя) и театр, рассчитанный на 5000 мест, а также крепостные стены, позже перестроенные римлянами и византийцами.
В 190-ые годы до нашей эры в Малую Азию приходят римляне. Кария лишается автономии и этнической идентичности (до того карийцы несколько выделялись и языком и внешностью из ряда жителей, населявших юг современной Турции), однако многие города благоденствовать. Несмотря на то, что море стало отступать, и Алинда, и расположенные неподалеку другие полисы (Милет, Кавн, Афродизиас, Дидим) по большей части сохранили или даже увеличили свое значение. В Алинде чеканили собственную монету; был расширен рынок.
Позже, на рубеже эр, римляне возвели большой акведук для лучшего обеспечения водой (его фрагменты прекрасно сохранились по сей день). Они же перестроили амфитеатр (значительная его часть ныне скрыта под грунтом и деревьями на склоне холма, однако часть сидений и сцены выступают наружу). В городе также появляются новые храмы.
Общий кризис империи в III веке привел к некоторому упадку и в Алинде. До города не добрались племена, разорившие Эфес, однако достаток жителей уменьшился. Считается, что в середине III века в Алинде перестали чеканить собственную монету.
Веком позже в Алинде появляются первые христианские обители и собственный епископ (в Римской Католической церкви формальная традиция назначать епископов Алинды сохранилась аж до конца XX века, несмотря на многовековое владычество Византии, а затем и турков: лишь с 1976 года место вакантно).
Уже после распада Римской империи на юго-запад от города, недалеко от озера Бафа, возникает крупный центр христианства. Множество монастырей появляется близ Алинды. Некоторые из них служили местом уединения христиан на протяжении семи веков. Некоторые из местных монахов ныне почитаются как святые.
С XI века юго-запад Малой Азии постоянно находится под ударами сельджуков. Алинда к тому времени превратилась в крохотный, малозначительный городок, и на закате Византии люди и вовсе покинули этот чудесный край.
Чаще всего туристы посещают Алинду из Бодрума и Миласа, заказывая джип-сафари.
